- Институт физики и математики
- Институт биомедицинских систем и биотехнологий
- Институт передовых производственных технологий
- Институт ядерной энергетики (филиал ФГАОУ ВО СПбПУ) г. Сосновый Бор
- Институт электроники и телекоммуникаций
- Институт компьютерных наук и кибербезопасности
- Инженерно-строительный институт
- Передовая инженерная школа "Цифровой инжиниринг"
- Институт дополнительного образования
- Институт физической культуры, спорта и туризма
- Гуманитарный институт
- Институт машиностроения, материалов и транспорта
- Университетский политехнический колледж
- Физико-механический институт
- Институт промышленного менеджмента, экономики и торговли
- Институт энергетики